Az első szabad választások után az új Országgyűlés alakuló ülésén Göncz Árpád lett a házelnök, és ő látta el az ideiglenes köztársasági elnöki teendőket is.

A Magyar Demokrata Fórum és a Szabad Demokraták Szövetsége megegyezése nyomán 1990. augusztus 3-án a parlament öt évre őt választotta a Magyar Köztársaság elnökévé, majd mandátumának letelte után, 1995. június 19-én újraválasztották e tisztségben. Elnökségének tíz éve alatt néha nehéz csatákat kellett megvívnia, mint például a taxisblokád  idején, vagy amikor ellenállt a Magyar Televízió és a Magyar Rádió elnökei leváltásának.

Államfőként törvények százait ellenjegyezte, normakontroll kérésére feljogosító jogkörével kilenc alkalommal élt. Egy ízben ő maga kezdeményezett törvényt: indítványozta a nemzeti, etnikai, faji vagy vallási csoport elleni gyűlöletre uszítás bűncselekménnyé nyilvánítását. Elnöksége idején ő volt Magyarország legnépszerűbb politikusa. Köztársasági elnökként több mint 130 alkalommal járt külföldön, összesen 70 országban, ő volt az első magyar államfő, aki hivatalos látogatást tett az Egyesült Államokban, Japánban, Nagy-Britanniában és Ausztráliában.

Göncz Árpád életében számos kitüntetésben részesült, sok rangos egyetem fogadta díszdoktorává, több város díszpolgárává. 2000-ben az amerikai kormány díjat alapított a tiszteletére, melyet évente adnak olyan magyar személynek, aki kiemelkedő teljesítményt nyújt a demokrácia és az emberi jogok érvényesítésében. 2012-ben, 90. születésnapja alkalmával gyermekei elhatározták a Göncz Árpád Alapítvány létrehozását az író-műfordító-politikus életének és munkásságának bemutatására, az 1956-os forradalom emlékének, a magyar demokratikus és szabadelvű hagyományok ápolására, valamint művei és róla szóló művek megjelentetésének elősegítésére.